비영리내국법인의 지출증명서류 수취

공익법인이 출연받은 기부금을 해당 공익법인의 고유목적사업을 수행하기 위해 다른 비영리법인에게 의뢰하여 연구를 진행하고 그 대가를 지출하는 경우 세금계산서 또는 계산서를 수취하는 것임

[회신] ｢상속세 및 증여세법｣ 제16조 제1항에 따른 공익법인이 출연받은 기부금을 해당 공익법인의 고유목적사업에 해당하는 소아암, 희귀난치질환 연구를 효과적으로 수행하기 위해 다른 비영리법인에게 의뢰하여 연구를 진행하고 그 대가를 지출하는 경우 해당 공익법인은 ｢법인세법｣ 제116조 제2항에 따른 세금계산서 또는 계산서를 수취하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ ◇◇병원(이하‘질의법인’)은 2021. 4월 개인들로부터 지정기부금 □□억 원(이하 ‘쟁점 기부금’)을 기부 받고 기부금영수증을 발급함 - 쟁점 기부금은 ｢소아암과 희귀질환 환아 지원사업｣(이하‘쟁점 사업’)에 사용할 계획임 ○ 질의법인은 쟁점 사업의 주체로서 쟁점 사업의 효과적인 수행을 위하여 질의법인 내에 별도의 사업단을 구성함 - 쟁점 사업과 관련된 주요내용은 다음과 같으며, 쟁점 기부금의 일부는 다른 비영리 법인 등에게 지출하여 연구(연구과제 형식)를 진행할 예정임 < 쟁점사업 주요내용 > | 구 분 | 내 용 | 비 고 | | 기부목적 | 국내 소아암･희귀질환 환아 지원 | | | 사업내용 | 소아암･희귀질환 환아 진단/치료/연구 | | | 사업기간 | 2021년 ∼ 2030년(10년) | | | 사업추진 | ○○○병원 주관 외 전국 주요 어린이병원 | 일부 공동연구 | | 기부금 | 현금 □□억 원(일시 기부) | | | 기부금의 사용 | 사업단을 구성하여 소아암･희귀질환 환아의 진단 /치료/연구에 사용 | | | 관리 | 별도 사업단을 구성하여 연구사업 진행 및 자금은 구분관리 | 질의법인 내 설치 | 2. 질의내용 ○ 질의법인이 다른 비영리법인 등에게 지출하여 연구를 진행할 경우 어떤 적격 지출증명 서류를 수취해야 하는지 3. 관련법령 ○ 법인세법 제116조 【지출증명서류의 수취 및 보관】 ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 제13조 제1항 제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도의 제60조에 따른 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하여야 한다. ② 제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드 매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증명서류를 포함한다. 이하 제117조에서 같다) 2. 현금영수증 3. 「부가가치세법」제32조에 따른 세금계산서 4. 제121조 및「소득세법」제163조에 따른 계산서 ○ 법인세법 시행령 제158조 【지출증명서류의 수취 및 보관】 ① 법 제116조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 1. 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다. 가. 비영리법인(제3조 제1항의 수익사업과 관련 된 부분은 제외한다) ○ 법인세법 제75조의5 【증명서류 수취 불성실 가산세】 ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 그 받지 아니하거나 사실과 다르게 받은 금액으로 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액(건별로 받아야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 2를 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다. ○ 법인세법 시행령 제120조 【가산세의 적용】 ③ 법 제75조의5 제1항 및 제75조의8 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 2. 비영리법인(제3조 제1항의 수익사업과 관련된 부분은 제외한다) ④ 법 제75조의5 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 제158조 제1항 각 호의 사업자를 말한다. ○ 법인세법 제121조 【계산서의 작성･발급 등】 ① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. ⑤ 법인은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출･매입처별합계표(이하 "매출･매입처별 계산서합계표"라 한다)를 대통령령으로 정하는 기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (단서생략) ○ 부가가치세법 제54조 【세금계산서합계표의 제출】 ① 사업자는 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급하였거나 발급받은 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 매출처별 세금계산서합계표와 매입처별 세금계산서합계표 (이하 "매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표"라 한다)를 해당 예정신고 또는 확정신고 (제48조 제3항 본문이 적용되는 경우는 해당 과세기간의 확정신고를 말한다)를 할 때 함께 제출하여야 한다. ⑤ 세금계산서를 발급받은 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 그 밖에 대통령령 으로 정하는 자는 매입처별 세금계산서합계표를 해당 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ○ 부가가치세법 시행령 제99조 【매입처별 세금계산서합계표 제출의무자의 범위】 법 제54조 제5항에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 자를 말한다. 3. 특별법에 따라 설립된 법인